Menzionata per la prima volta in un documento del 1177, ove si attesta che, con la benedizione di Papa Alessandro III, San Pietro di Bovara ebbe giurisdizione su molte chiese della zona.
Mantenne tali privilegi e continuò ad essere una potente e autonoma abbazia sino al 1214, quando, a seguito della distruzione di Trevi per opera del duca Tieopoldo di Spoleto, conobbe un primo periodo di decadenza.
Il periodo di declino proseguì, tanto che, nel 1334, si decise l’unione di San Pietro di Bovara con l’Abbazia di Sassovivo, che nei fatti non si realizzò mai per la decisa opposizione dei ghibellini trevani.
Nel 1421 Corrado Trinci, Signore di Foligno, occupò il monastero devastandolo e assicurandosene così le rendite.
Nel 1484 Papa Sisto IV autorizzò il passaggio del monastero ai Benedettini Olivetani, in pratica ratificò una precedente richiesta del Comune di Trevi.
Questo, su iniziativa dell’abate che nominalmente reggeva il convento, decise per la cessione del luogo ai monaci di Monte Oliveto, vista l’impossibilità di riportare i religiosi all’osservanza della regola ed anche di recuperarne il dominio effettivo.
Gli Olivetani vi rimasero sino al periodo napoleonico.
Successivamente la chiesa con i relativi fabbricati e beni fu ceduta alla famiglia Martinez.
La parte conventuale è privata quindi non visitabile.

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